Опытным путём выяснил, что это следствие глюка, который тянется с прошлых релизов - когда при редактировании метки создавался её дубликат, а какая-то другая метка стиралась.
Теперь с расширением функциональности - можно редактировать траекторию пути - этот глюк добавил очень много головной боли
Т.е. у меня есть прочерченный путь. Я нажимаю правой кнопкой "Изменить". Меняю его траекторию. Нажимаю "сохранить", "изменить". Траектория пути изменяется, но в добавок остаётся и старая - становится два пути. Я думаю - а, просто старый путь остался. И удаляю его.
Но это не остался старый путь - в этот путь превратилась какая-то ещё другая метка, путь или полигон! И теперь её нет, и восстановить нельзя. Эх, сколько таких "дубликатов" я удалил при редактировании путей
Тяжело будет всё это найти и восстанавливать - где что исчезло, и главное - непонятно как избежать повторения таких ситуаций в будущем... 
Закономерность проявления пока не нашёл, продолжаю поиски...
